Under 1800-talets tidigare hälft beslöt kyrkomyndigheterna i Skara att kyrkan skulle rivas. Anledningarna till detta kan ha varit många. Byinvånarna i Skagen, kyrkoherden inräknat, betedde sig självsvådligt vilket man ville bestraffa. Kristendomen hade delvis blandats upp med gammal folktro och annan hedendom, vilket biskopssätet inte kunde tolerera. Utöver dessa och andra anledningar var kyrkan i ganska dåligt skick.
Kyrkan revs, men byggdes upp på nytt under 1950-talet och invigdes 1960. Emellertid fick inte kyrkan stå längre än till början av januari år 2000, då den brann ner till grunden. Detta kom som en chock för många människor, men tack vare en god försäkring och ett stort engagemang från många håll, inte minst privatpersoner, kunde en nybyggd kyrka invigas vid midsommar 2001.
Kyrkan är en viktig del av Skagagården och den verksamhet som sker där. Utöver gudstjänster hålls här bröllop och dop. För många arrangemang - konfirmationsläger, kurser, ungdomsläger, retreater mm - blir kyrkan en hjärtpunkt.

Skaga stavkyrka